Método mejorado para la extracción de ADN microbiano de suelo alcalino-salino

Resumen

Se desarrolló un método modificado para la lisis bacteriana y la extracción directa de ADN de suelo alcalino-salino con mínima fragmentación y con esto, evitar posiblemente, la formación de quimeras a partir de pequeños fragmentos de ADN durante la amplificación por PCR. Se utilizó el kit Power Soil DNA (Mo Bio™ Laboratories, Inc.) como técnica de referencia. El método reportado se basó en la lisis celular en presencia de dodecilsulfato de sodio (SDS), ácido etilendiaminotetraacético (EDTA) y lisis celular mecánica empleando un equipo Fast-Prep-24™, seguido de un ciclo de congelación a -40 °C durante 60 min y descongelación a 65 °C durante 20 min. El método de extracción se probó para suelos alofónicos con grandes concentraciones de materia orgánica, ácidos fúlvicos y húmicos, conductividad electrolítica (CE) entre 2.6 dS m-1 y 39.9 dS m-1, y pH entre 8.8 y 10.9. La concentración del ADN extraído de los suelos osciló entre 2.35 (Texcoco-2) y 3.66 (Texcoco-1) µg de ADN g-1 de suelo, y el rendimiento dependió del tipo de suelo empleado. El método produjo ADN lo suficientemente puro para la amplificación del gen 16S rADN por PCR cuando se añadió albúmina de suero bovino (BSA) al buffer de reacción. El ADN obtenido presenta suficiente calidad y rendimiento para su uso posterior para la secuenciación del gen 16S rADN, o para un secuenciamiento directo, i.e. secuenciación del metagenoma.